Sel ganggang ternyata memiliki struktur hidup mirip sel tumbuha yaitu bersifat eukariotik (punya membran inti) dan memiliki dinding sel dan kloroplas.
Dinding sel ganggang ini ada yang mengandung selulosa, hemiseluluosa, silika, kalsium karbonat, polisakarida, pektin, algin, agar dan karagenan.
Bahan-bahan tadi membentuk gel sehingga ganggang akan terasa berlendir atau mirip karet. Ganggang jenis Euglena tidak memiliki sel, tapi memiliki pelikel yang lentur untuk menyokong membran sel.
Bentuk kloroplas sel ganggang sangat variatif seperti bentuk bulat, jala, spiral atua disk (cakram), bintang, mangkuk atau pita. Di dalam kloroplas sel terdapat ribosom, DNA, pirenoid, dan klorofil. Jenis klorofil antara lain klorofil a, klorofil b, klorofil c, dan klorofil d yang semuanya berfungsi untuk fotosintesis.
Selain klorofil ganggang juga memiliki tambahan pigmen fotosintetik lainnya yaitu karoten (kuning kemerahan), xantofil (kuning), fikoeritrin (merah), fikosianin (biru) dan fukosiantin (cokelat).
 |
| Contoh batang tubuh ganggang hijau spirogyra |
 |
| Spirogyra |
Hasil fotosintesis ganggang digunakan untuk metabolisme sel dan kelebihannya disimpan sebagai cadangan makanan dalam pirenoid. Cadangan makanan yang disimpan dapat berupa amilum, protein, tepung, florid, floridosid, minyak, laminarin, paramilon, dan leukosin.
Ganggang juga memiliki organel seperti yang dimiliki Protista lain seperti mitokondria, ribosom, badan Golgi, retikulum endoplasma dan inti sel.
Pada ganggang jenis uniseluler yang dapat bergerak terdapat vakuola kontraktil untuk osmoregulasi dan bintik merah yang disebut stigma untuk organel fotoreseptor.
Beberapa jenis ganggang yang uniseluler memiliki satu atau lebih flagela untuk bergerak dan berenang di perairan. Contohnya adalah Euglena, Chlamydomonas, Volvox, Synura, Ochromonas, Chromulina, Prymnesium, Isochrysis, dan Chrysochromulina.
Ganggang multiseluler yang hidup menempel pada batu akan membentuk struktur menyerupai akar yang disebut holdfast. Bagian tubuh ganggang yang menyerupai batang disebut stipe, sedangkan bagian yang menyerupai daun disebut blade.
Pada beberapa jenis ganggang cokelat, blade dilengkapi pelampung sehingga blade dapat tetap berada dekat permukaan air untuk berfotosintesis misalnya Sargassum. Struktur ganggang yang bentuk seperti tumbuhan tingkat tinggi tapi tidak punya akra, barang dan daun sejati disebut talus.
 |
| Alga cokelat |
